Die drei Hauptnetze
- JR East: umfasst die Yamanote-Ringlinie, Chuo-Linie und Sobu-Linie. Vom JR Pass abgedeckt.
- Tokyo Metro und Toei Subway: decken das Zentrum Tokios und viele Touristenattraktionen ab. Nicht vom JR Pass abgedeckt.
- Private Eisenbahnen wie Keio, Odakyu und Tobu, für Gebiete wie Hakone und Nikko.
