Трите главни мрежи
- JR East: вклучува Yamanote кружна линија, Chuo Line и Sobu Line. Покриено со JR Pass.
- Tokyo Metro и Toei Subway: покриваат централно Токио и многу туристички места. Не се покриени со JR Pass.
- Приватни железници како Keio, Odakyu и Tobu, за области како Хаконе и Нико.
