Tiga rangkaian utama
- JR East: termasuk gelung Yamanote, Laluan Chuo dan Laluan Sobu. Dilindungi oleh JR Pass.
- Tokyo Metro dan Toei Subway: meliputi Tokyo tengah dan banyak tempat pelancongan. Tidak dilindungi oleh JR Pass.
- Kereta api persendirian seperti Keio, Odakyu dan Tobu, untuk kawasan seperti Hakone dan Nikko.
