De drie belangrijkste netwerken
- JR East: omvat de Yamanote-ringlijn, Chuo-lijn en Sobu-lijn. Gedekt door de JR Pass.
- Tokyo Metro en Toei Subway: dekken centraal Tokyo en veel toeristische plaatsen. Niet gedekt door de JR Pass.
- Particuliere spoorwegen zoals Keio, Odakyu en Tobu, voor gebieden zoals Hakone en Nikko.
