Trzy główne sieci
- JR East: obejmuje pętlę Yamanote, linię Chuo i linię Sobu. Pokryte przez JR Pass.
- Tokyo Metro i Toei Subway: obejmują centralne Tokio i wiele atrakcji turystycznych. Nie są objęte JR Pass.
- Prywatne koleje, takie jak Keio, Odakyu i Tobu, dla obszarów takich jak Hakone i Nikko.
