Cele trei rețele principale
- JR East: include bucla Yamanote, Linia Chuo și Linia Sobu. Acoperite de JR Pass.
- Tokyo Metro și Toei Subway: acoperă centrul Tokyo și multe atracții turistice. Nu sunt acoperite de JR Pass.
- Căi ferate private precum Keio, Odakyu și Tobu, pentru zone precum Hakone și Nikko.
