Die drie hoofnetwerke
- JR East: sluit die Yamanote lus, Chuo Line en Sobu Line in. Gedek deur die JR Pass.
- Tokyo Metro en Toei Subway: dek sentraal Tokyo en baie toeristeplekke. Nie gedek deur die JR Pass nie.
- Privaat spoorweë soos Keio, Odakyu en Tobu, vir gebiede soos Hakone en Nikko.
