Трите основни мрежи
- JR East: включва кръговата линия Yamanote, линия Chuo и линия Sobu. Покрива се от JR Pass.
- Tokyo Metro и Toei Subway: обхващат централно Токио и много туристически обекти. Не се покриват от JR Pass.
- Частни железопътни линии като Keio, Odakyu и Tobu, за райони като Хаконе и Никко.
