Les tres xarxes principals
- JR East: inclou l'anell Yamanote, la línia Chuo i la línia Sobu. Coberta pel JR Pass.
- Tokyo Metro i Toei Subway: cobreixen el centre de Tòquio i molts llocs turístics. No cobertes pel JR Pass.
- Ferrocarrils privats com Keio, Odakyu i Tobu, per a zones com Hakone i Nikko.
