Tři hlavní sítě
- JR East: Zahrnuje okruh Yamanote, linku Chuo a linku Sobu. Pokryto JR Pass.
- Tokyo Metro a Toei Subway: Pokrývají centrální Tokio a mnoho turistických míst. Není pokryto JR Pass.
- Soukromé železnice jako Keio, Odakyu a Tobu pro oblasti jako Hakone a Nikko.
