Τα τρία κύρια δίκτυα
- JR East: περιλαμβάνει τον κυκλικό δακτύλιο Yamanote, τη γραμμή Chuo και τη γραμμή Sobu. Καλύπτεται από το JR Pass.
- Tokyo Metro και Toei Subway: καλύπτουν το κεντρικό Τόκιο και πολλά τουριστικά σημεία. Δεν καλύπτονται από το JR Pass.
- Ιδιωτικοί σιδηρόδρομοι όπως Keio, Odakyu και Tobu, για περιοχές όπως Χακόνε και Νίκκο.
