Las tres redes principales
- JR East: incluye el bucle Yamanote, la línea Chuo y la línea Sobu. Cubierto por el JR Pass.
- Metro de Tokio y Toei Subway: cubren el centro de Tokio y muchos puntos turísticos. No cubierto por el JR Pass.
- Ferrocarriles privados como Keio, Odakyu y Tobu, para zonas como Hakone y Nikko.
