Kolme pääverkkoa
- JR East: sisältää Yamanote-silmukan, Chuo-linjan ja Sobu-linjan. Kuuluu JR Passin piiriin.
- Tokyo Metro ja Toei Subway: kattavat Tokion keskustan ja monet turistinähtävyydet. Ei kuulu JR Passin piiriin.
- Yksityiset rautatiet, kuten Keio, Odakyu ja Tobu, alueille kuten Hakone ja Nikko.
