Tiga jaringan utama
- JR East: termasuk jalur lingkar Yamanote, Chuo Line, dan Sobu Line. Dicakup oleh JR Pass.
- Tokyo Metro dan Toei Subway: mencakup pusat kota Tokyo dan banyak tempat wisata. Tidak dicakup oleh JR Pass.
- Jalur kereta api pribadi seperti Keio, Odakyu, dan Tobu, untuk area seperti Hakone dan Nikko.
