Tri hlavné siete
- JR East: zahŕňa okruh Yamanote, linku Chuo a linku Sobu. Pokryté JR Pass.
- Tokyo Metro a Toei Subway: pokrývajú centrálne Tokio a mnoho turistických miest. Nie sú pokryté JR Pass.
- Súkromné železnice ako Keio, Odakyu a Tobu, pre oblasti ako Hakone a Nikko.
