สามเครือข่ายหลัก
- JR East: รวมถึงสาย Yamanote loop, Chuo Line และ Sobu Line ครอบคลุมโดย JR Pass
- Tokyo Metro และ Toei Subway: ครอบคลุมใจกลางโตเกียวและสถานที่ท่องเที่ยวหลายแห่ง ไม่ครอบคลุมโดย JR Pass
- รถไฟเอกชนเช่น Keio, Odakyu และ Tobu สำหรับพื้นที่เช่น Hakone และ Nikko
