Три основні мережі
- JR East: включає кільцеву лінію Yamanote, лінії Chuo та Sobu. Покривається JR Pass.
- Tokyo Metro та Toei Subway: охоплюють центральний Токіо та багато туристичних місць. Не покриваються JR Pass.
- Приватні залізниці, такі як Keio, Odakyu та Tobu, для районів, як-от Хаконе та Нікко.
