De tre hovednetværk
- JR East: Inkluderer Yamanote-løkken, Chuo Linjen og Sobu Linjen. Dækket af JR Passet.
- Tokyo Metro og Toei Subway: Dækker det centrale Tokyo og mange turistattraktioner. Ikke dækket af JR Passet.
- Private jernbaner som Keio, Odakyu og Tobu, til områder som Hakone og Nikko.
