De tre hovednettverkene
- JR East: inkluderer Yamanote-sløyfen, Chuo-linjen og Sobu-linjen. Dekket av JR Pass.
- Tokyo Metro og Toei Subway: dekker sentrale Tokyo og mange turiststeder. Ikke dekket av JR Pass.
- Private jernbaner som Keio, Odakyu og Tobu, for områder som Hakone og Nikko.
