De tre huvudnätverken
- JR East: inkluderar Yamanote-linjen, Chuo-linjen och Sobu-linjen. Täcks av JR Pass.
- Tokyo Metro och Toei Subway: täcker centrala Tokyo och många turistplatser. Täcks inte av JR Pass.
- Privata järnvägar som Keio, Odakyu och Tobu, för områden som Hakone och Nikko.
