Les trois réseaux principaux
- JR East : comprend la boucle Yamanote, la ligne Chuo et la ligne Sobu. Couvert par le JR Pass.
- Tokyo Metro et Toei Subway : couvrent le centre de Tokyo et de nombreux sites touristiques. Non couverts par le JR Pass.
- Chemins de fer privés comme Keio, Odakyu et Tobu, pour des zones comme Hakone et Nikko.
