As três principais redes
- JR East: inclui o anel Yamanote, Linha Chuo e Linha Sobu. Coberto pelo JR Pass.
- Tokyo Metro e Toei Subway: cobrem o centro de Tokyo e muitos pontos turísticos. Não cobertos pelo JR Pass.
- Ferrovias privadas como Keio, Odakyu e Tobu, para áreas como Hakone e Nikko.
